Hydrochinon ist nicht nur wegen seiner negativen Auswirkungen auf die Haut und die Gesundheit umstritten, sondern auch aufgrund der Umweltprobleme, die damit verbunden sind.
Wie andere phenolische Verbindungen wird sie als sehr giftig für aquatische Lebensräume angesehen, mitunter bereits bei relativ niedrigen Konzentrationen. Studien haben insbesondere eine ausgeprägte Toxizität bei verschiedenen Arten gezeigt, die als ökotoxikologische Indikatoren verwendet werden, wie Daphnia magna, bestimmte Fische, Rotatorien sowie photosynthetische Mikroorganismen. Bei Daphnia magna wurde beispielsweise ein 48‑Stunden‑EC50‑Wert von etwa 0,15 mg/L berichtet. Die EC50 (mittlere effektive Konzentration) entspricht der Konzentration einer Substanz, die erforderlich ist, um bei 50 % der getesteten Organismen eine biologische Wirkung hervorzurufen. Je niedriger dieser Wert ist, desto toxischer ist die Substanz.
Diese Toxizität beschränkt sich nicht auf sichtbare aquatische Organismen. Hydrochinon beeinträchtigt ebenfalls die für das Funktionieren von Ökosystemen essenziellen Mikroorganismen, insbesondere in Gewässern und Böden. Cyanobakterien sind dafür ein besonders sensibles Beispiel: Ihre photosynthetische Aktivität kann beeinträchtigt werden, was die Primärproduktion stört, die an der Basis aquatischer Nahrungsketten steht. In Böden wurde die Exposition gegenüber Hydrochinon mit einer Abnahme der Zahl kultivierbarer Mikroorganismen sowie mit einer Hemmung bestimmter Schlüsselenzyme in Verbindung gebracht, etwa Dehydrogenasen und β-Glucosidasen, die an den Kreisläufen von Kohlenstoff und organischer Substanz beteiligt sind.
Diese Wirkungen der Hydrochinon spiegeln eine Störung des mikrobiellen Stoffwechsels wider, die geeignet ist, den Abbau organischer Substanz zu verlangsamen und die lokalen biologischen Gleichgewichte zu verändern.
Es ist jedoch wichtig, diese Feststellung zu nuancieren: Hydrochinon gilt nicht als ein besonders persistenter Schadstoff. Bakterien und Pilze sind in der Lage, es biologisch abzubauen, teils sogar recht effizient, indem sie es schrittweise in Zwischenprodukte und anschließend in einfachere Metaboliten umwandeln. Unter aeroben Bedingungen können bestimmte Bakterien direkt den aromatischen Ring des Hydrochinons aufspalten, während andere Mikroorganismen es zunächst in Zwischenprodukte wie 1,2,4-Trihydroxybenzol überführen, bevor ein vollständiger Abbau erfolgt. Auch Pilze können es in ihre Stoffwechselwege integrieren. Dieser biologische Abbau trägt dazu bei, seine Persistenz in natürlichen Umweltkompartimenten zu begrenzen.