Wie jeder Wirkstoff erfordert Ciclopiroxolamin bestimmte Anwendungsvorsichtsmaßnahmen, um sowohl seine Wirksamkeit als auch seine gute Verträglichkeit zu gewährleisten. Insbesondere wird davon abgeraten, das Produkt auf geschädigte Hautstellen, insbesondere bei offenen Wunden, aufzutragen, da dies Reizreaktionen begünstigen könnte. Ebenso darf Ciclopiroxolamin nicht im Augenbereich angewendet werden noch mit den Schleimhäuten der Haut in Kontakt kommen.
Bezüglich der Schwangerschaft sind die verfügbaren Daten weiterhin begrenzt: Weniger als 300 auf Ciclopiroxolamin exponierte Schwangerschaften mit bekanntem Ausgang wurden dokumentiert. Allerdings, keine embryotoxischen oder teratogenen Effekte wurden in Tierversuchen, selbst nach oraler, subkutaner oder topischer Anwendung, beobachtet. Zudem bleibt die systemische Exposition gegenüber Ciclopiroxolamin nach kutaner Applikation vernachlässigbar, was das Risiko systemischer Effekte bei Schwangeren stark einschränkt. Dennoch wird aus Vorsichtsgründen Schwangeren generell empfohlen, Ciclopiroxolamin zu vermeiden, es sei denn, es liegt eine abweichende ärztliche Empfehlung vor. Gleiches gilt für das Stillen: Bis heute gibt es keine präzisen Daten zum Übertritt von Ciclopiroxolamin in die Muttermilch. Auch hier gilt das Vorsorgeprinzip, und stillenden Frauen wird geraten, es nicht anzuwenden, sofern nicht eine medizinische Kontraindikation vorliegt.
In den Vereinigten Staaten wird Ciclopiroxolamin für die Anwendung während der Schwangerschaft in die Kategorie B eingestuft.
Diese Kategorie umfasst Verbindungen, bei denen Tierversuche kein fetales Risiko gezeigt haben und bei denen beim Menschen keine unerwünschten Wirkungen bestätigt wurden. In den USA wird die Anwendung von Ciclopiroxolamin bei schwangeren oder stillenden Frauen als sicher eingestuft, ebenso wie seine Anwendung bei Kindern ab 10 Jahren.